Държавен фонд „Земеделие” е създаден през 1998 г. със Закона за подпомагане на земеделските производители (ЗПЗП). Чрез Фонда българските бенефициери получават финансово подпомагане от националния бюджет, чрез инструментите на Общата селскостопанска политика (ОСП) и Общата политика в областта на рибарството (ОПОР) на Европейския съюз (ЕС).

Съгласно ЗПЗП, органите на управление на ДФ „Земеделие“ – РА са Управителният съвет и изпълнителният директор. Управителният съвет се състои от 11 членове и се председателства от министъра на земеделието. Управителният съвет определя основните насоки и осъществява общо ръководство и контрол на дейността на Фонда, съгласно приложимото национално законодателство и правото на Европейския съюз (ЕС).

Оперативното ръководство на ДФ „Земеделие“ – РА се осъществява от изпълнителен директор, който представлява институцията. Тя е със статут на първостепенен бюджетен разпоредител. Изпълнителният директор организира и ръководи дейността на Фонда при осъществяване на всички негови функции.

Структурата на Фонда включва централно управление и 28 областни дирекции. На територията на цялата страна като структури са обособени 11 регионални разплащателни агенции, към които работят 11 регионални технически инспектората.